Johannes Gassner wuchs in Ludwigsburg auf. Das Studium absolvierte er an der HfM Würzburg bei Prof. Albrecht Holder, am CNSMD Lyon bei Carlo Colombo und an der HfMT Köln bei Prof. Georg Klütsch. Johannes Gassner war Mitglied im Bundesjugendorchester, der Jungen Deutschen Philharmonie sowie im Schleswig-Holstein Festivalorchester. Stipendien erhielt er von der Oscar und Vera Ritter-Stiftung, der Theodor-Rogler-Stiftung sowie der Stiftung Bayerischer Musikfonds.
Nach dem Bachelorabschluss in Würzburg wurde er Stipendiat der Orchesterakademie der Essener Philharmoniker. Im Anschluss an die Akademiezeit erhielt er dort einen Zeitvertrag für die Spielzeit 2016/17.
Als Solo-Fagottist gastierte er beim Münchner Rundfunkorchester, bei der Badischen Staatskapelle Karlsruhe sowie beim Philharmonischen Orchester Landestheater Coburg. Seit Dezember 2017 ist er Solo-Fagottist der Meininger Hofkapelle.
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